ورش العمل
ورش العمل العلمية
ورش عمل فريق المعلومات الحيوية
نظّم فريق المعلوماتية الحيوية في جامعة نيويورك أبوظبي سلسلةً من ورش العمل خلال العام الدراسي ٢٠٢٣-٢٠٢٤ حظيت بإقبال واسع من جميع فئات المجتمع العلمي. وقد عُقِدت ورش العمل هذه بالتعاون مع مكتبة جامعة نيويورك أبوظبي، ومكتب دعم الخريجين والباحثين في مرحلة ما بعد الدكتوراه. وقد شجّع الفريق مختلف فئات مجتمع الجامعة على مشاركة فيها، ومن بينها الطلاب الجامعيين والخريجين، وطلاب الدراسات العليا، والباحثين في مرحلة ما بعد الدكتوراه، وأعضاء هيئة التدريس. كما تميّزت ورش العمل بالإقبال الواسع الذي حظيت به، إذ تخطى عدد الراغبين بالمشاركة فيها عدد المقاعد المتاحة، ليتم إضافة الراغبين بالاشتراك إلى قائمة انتظار تضم ما لا يقل عن 10 أشخاص لكل ورشة، علمًا أن هذه القوائم ضمت حتى 80 شخصًا ينتظرون المشاركة في بعض الجلسات.
وشملت المحاور التي سلطت ورش العمل الضوء عليها:
- الميتاجينوميات
- لغة بايثون للمبتدئين
- لغة بايثون للمستوى المتوسط
- مقدمة في لغة البرمجة R وتطبيقات RShiny
- مبادئ دقة الكود وإعادة الإنتاج في R
- تحليل تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) للخلايا المفردة
- اكتشاف المتغيرات والتعليقات التوضيحية
- تجميع النسخ الجديدة والتعليقات التوضيحية (تجميع الجينوم الجديد)
ورشة عمل تحليل بيانات الميتاجينوميات
سعيًا منه إلى تشجيع المشاركين على اكتساب الخبرات العملية، قاد الباحث محمد أرشاد، من فريق المعلوماتية الحيوية، دورة تدريبية تقوم على الممارسة التطبيقية حملت عنوان "تحليل بيانات الميتاجينوميات". وركّزت الدورة على تحليل بيانات تسلسل الميتاجينوميات باستخدام تقنية تقطيع الجينوم بشكل عشوائي (Shotgun sequencing)، ودعت المشاركين إلى إدخال بياناتهم بأنفسهم على حاسوب دلما عالي الأداء (Dalma HPC)، وإدارة عملية تحليل البيانات بالكامل باستخدام نظام إدارة سير عمل BioSAILs الذي طوّرته جامعة نيويورك أبوظبي.
ورش عمل للتعريف بنظام BioSAILs
نظام BioSAILs هو نظام طوّرته جامعة نيويورك أبوظبي لإدارة سير العمل في مجال المعلوماتية الحيوية. وفي إطار سعيه لتعزيز المعرفة العملية بكيفية استخدام هذا النظام، قدّم فريق المعلوماتية الحيوية في الجامعة ورشتين تدريبيتين تحت عنوان "مقدمة إلى نظام BioSAILs“. وتضمنت الورشتان برنامجًا تعليميًا عمليًا ركّز على كيفية استخدام النظام، بالإضافة إلى مقدمة حول نظام إدارة سير العمل (WMS). كما أتاحت الورشتان الفرصة للمشاركين لمناقشة احتياجاتهم البحثية والتعمّق في كيفية تصميم سير عمل التحليل باستخدام نظام BioSAILs بما يتناسب مع أهدافهم العلمية.
ورشة عمل تحليل التسلسل العميق
نظّمت جامعة نيويورك أبوظبي ورشة تدريبية عملية، استمرت لمدة 5 أيام، وركّزت على المهارات العملية لاستخدام نظام إدارة سير العمل/سلاسل المعالجة، الذي طوّره فريق المعلوماتية الحيوية. وهدفت الورشة إلى استكشاف كيفية إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية عالي الإنتاجية على حاسوب جامعة نيويورك أبوظبي عالي الأداء (Dalma). كما تناولت مواضيع متعددة، منها تجميع الجينوم الجديد، وتحليل الميتاجينوم الجديد، وتحليل RNA-seq، وتحليل الحمض النووي الريبي (RNA) للخلايا المفردة، وتحليل CHIP-seq analysis، واكتشاف المتغيرات (SNPs/Indels)، وتصور البيانات.
وقد قدّم الباحثون من فريق المعلوماتية الحيوية للمشاركين في ورشة العمل نصائح قيّمة تساهم في إعدادهم وتدريبهم على إجراء هذه الأنواع من التحليلات في بيئة حوسبة عالية الأداء، وساعدوهم على تعزيز مهاراتهم الأساسية لاستخدام نظام BioSAILs. وحرصًا من الجامعة على استفادة المشاركين من ورشة العمل إلى أقصى حد ممكن، طُلب منهم إكمال دورتين على الإنترنت قبل حضور الجلسة، وذلك من أجل التعرّف إلى نظام لينكس وواجهة سطر الأوامر، بالإضافة إلى اللغة الإحصائية R. وقد تضمنت ورشة العمل مجموعة من الأنشطة العملية، وسلسلة من المحاضرات والعروض القصيرة، قام بعدها المشاركون بتحليل عملي للبيانات. كما نظمت الجامعة جلسة مكثفة حول تحليل التسلسل العميق بالتعاون مع جامعة نيويورك في نيويورك. وشملت المحاور التي غطتها ورشة العمل:
- كيف يتم تنظيم وتقسيم الحوسبة عالية الأداء HPC
- أوامر SLURM
- نظام إدارة سير عمل/سلاسل المعالجة الذي طوّره فريق المعلوماتية الحيوية في جامعة نيويورك أبوظبي
- بيانات وتنسيقات (تسلسل الجيل الثاني) NGS
- فحص جودة البيانات وضبط الجودة
- محاذاة التسلسل والبرمجيات والطرق وتنسيقات الملفات
- تحليل الميتاجينوميات الجديدة والبرمجيات والأساليب
- تحليل الجينوم الجديد والبرمجيات والأساليب
- تحليل (RNA-seq - RNA sequencing) (تحديد ملامح التعبير والتعبير الجيني التفاضلي)، والبرمجيات، والمنهجية، وتنسيقات الملفات
- تحليل RNAseq للخلايا المفردة باستخدام حزمة R الشهيرة "Seurat“.
- الكشف عن المتغيرات والتعليقات التوضيحية للمتغيرات (SNPs & Indels)، والبرمجيات، والمنهجية، وتنسيقات الملفات
- تحليل CHIP-seq
- تصور البيانات لاكتشاف المتغيرات بالإضافة إلى استكشاف بيانات RNAseq وتخطيطها
ورشة عمل تطبيقية في المعلوماتية الحيوية: مقدمة في المعلوماتية الحيوية
نظمت جامعة نيويورك أبوظبي ورشة عمل حول المعلوماتية الحيوية صُممت خصيصًا لتعريف المشاركين على المفاهيم الأساسية في مجال المعلوماتية الحيوية، والأدوات التي يحتاجونها لتحليل مجموعات بيانات الجينوم. واطلع المشاركون في هذه الورشة على أحدث التوجهات في هذا المجال، واكتسبوا خبرة عملية في تحليل البيانات لمجموعات بيانات تعبير وتفصيل الحمض النووي والحمض النووي الريبي. كما تضمنت ورشة العمل عدّة جلسات عملية، وعروضًا بحثية، وأتاحت الفرصة للمشاركين لمناقشة مشاريعهم وأفكارهم.
ملتقى الخبرات في مجال علم الأحياء
تسعى جامعة نيويورك أبوظبي إلى تعزيز التعاون العلمي وتشجيع تبادل الأفكار والخبرات في جميع فعالياتها. ولتحقيق هذا الغرض، نظّمت الجامعة ملتقى الخبرات في مجال علم الأحياء بقيادة مركز علوم الجينوم والأنظمة الحيوية، وبالاشتراك مع منصات التكنولوجيا الأساسية وقسم العلوم. وقد جمع هذا الملتقى بين مختلف الباحثين في جامعة نيويورك أبوظبي لمناقشة المواضيع العلمية وتبادل الخبرات في مجال التقنيات والمنصات الأساسية، بما في ذلك تقنيات التسلسل الجيني، والمعلوماتية الحيوية والفحص المجهري.
ورش عمل التطوير الوظيفي
ورشة عمل توجيهية حول التقدم بطلبات للالتحاق بهيئات التدريس
قدّم الدكتور ستيفان بواسينو والدكتورة كيرستن سادلر إديبلي، من جامعة نيويورك أبوظبي، حلقة نقاشية مخصصة للزملاء في مرحلة ما بعد الدكتوراه وعلماء الأبحاث. وهدفت الحلقة النقاشية إلى إعطاء المشاركين توجيهات ونصائح حول كيفية التقدّم بطلبات للالتحاق بوظائف ضمن هيئات التدريس في الجامعات. كما شاركت الدكتورة أماندين كورنيل من المركز الوطني للبحوث العلمية، والدكتورة إكرام بليلو من جامعة الملك عبد الله للعلوم والتقنية في هذه الحلقة النقاشية. وقدّمت ورشة العمل للباحثين في جامعة نيويورك أبوظبي معلومات قيّمة حول أفضل الممارسات والاستراتيجيات التي يجب اعتمادها عند التقدم لوظائف ضمن هيئات التدريس أو ضمن الكوادر الأكاديمية.
ورشة عمل توجيهية حول التقدم بطلبات للالتحاق بهيئات التدريس
قدّم البروفيسور كلود ديسبلان، والدكتور ستيفان بواسينو، والدكتورة كيرستن سادلر إديبلي من جامعة نيويورك أبوظبي، إلى جانب مايكل دوريتي من المختبر الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية، حلقة نقاشية مخصصة للزملاء في مرحلة ما بعد الدكتوراه وعلماء الأبحاث. وهدفت ورشة العمل هذه إلى تزويد الباحثين في جامعة نيويورك أبوظبي بمعلومات قيّمة حول أفضل الممارسات والاستراتيجيات التي يجب اعتمادها عند التقدم لوظائف ضمن هيئات التدريس.
ورشة عمل توجيهية حول التقدم بطلبات للالتحاق بهيئات التدريس
نظّم الدكتور جاستن بلاو وأعضاء هيئة التدريس الدائمين في جامعة نيويورك أبوظبي حلقة نقاشية مخصصة للزملاء في مرحلة ما بعد الدكتوراه وعلماء الأبحاث. وهدفت ورشة العمل هذه إلى تعريف الباحثين في الجامعة على أفضل الممارسات والاستراتيجيات التي يجب اعتمادها عند التقدم لوظائف ضمن هيئات التدريس.
نصائح لتقديم ورشة عمل بحثية فعّالة
نظّمت جامعة نيويورك أبوظبي ورشة عمل مخصصة للباحثين حملت عنوان "كيف تقدّم ورشة عمل بحثية فعّالة؟"، قدّمها الدكتور جاستين بلاو. وهدفت هذه الورشة إلى تحسين مهارات الباحثين في التواصل، وإكسابهم المعرفة المتخصصة، وتعزيز ثقتهم بأنفسهم لتمكينهم من مناقشة أبحاثهم أمام الجمهور بكفاءة ومهارة عالية.
كتابة مقترحات المنح للباحثين وأعضاء هيئة التدريس الجدد
نظّمت جامعة نيويورك أبوظبي ورشة عمل حملت عنوان "كتابة مقترحات المنح للباحثين وأعضاء هيئة التدريس الجدد"، قدّمها الدكتور جاستين بلاو. وهدفت الورشة إلى تزويد المشاركين بالمهارات الأساسية التي يحتاجونها لكتابة مقترحات واضحة ومتميزة تزيد من حظوظ حصولهم على المنح البحثية.