ويتم توزيع الطلاب المقبولين في برنامج المنحة ضمن مجموعتين في مسارين دراسيين خاصين تحت إشراف الهيئة التدريسية في جامعة نيويورك أبوظبي. ويحمل المسار الأول عنوان "أفكار مقدسية"، ويدرّسه جون كوجلين، الأستاذ العالمي المتميز في مجال الدراسات الدينية والقانونية. ويستكشف هذا المسار أصول الأفكار السامية ومعانيها ومظاهرها في مختلف التقاليد الدينية الأساسية. ويأتي المسار الثاني تحت عنوان "الطريق لتحقيق الحياد المناخي: النقاشات والتحديات العالمية"، والذي تدرّسه صوفيا كالانتزاكوس، الأستاذة العالمية المتميزة في مجال الدراسات البيئية والسياسة العامة. ويسلط هذا المقرر الضوء على تأثير تحقيق الحياد المناخي على إنتاج الغذاء والأمن المائي والحياة الحضرية. كما ستتناول مقررات دراسية أخرى أساسيات تنمية القيادة والتحدث أمام الجمهور وتقديم الندوات العامة والتفكير النقدي وأسلوب الكتابة الإقناعي.

ومنذ تأسيسه في عام 2008، شهد برنامج منحة الشيخ محمد بن زايد للتعليم العالي تخريج 16 دفعة دراسية شملت 373 طالب، التحق 130 طالباً منهم ببرامج الدراسات العليا أو تخرجوا منها، وتابع 15 طالباً منهم دراستهم لنيل شهادة الدكتوراه، فيما حصل 6 منهم على شهادات عليا إضافية.

إن برنامج منحة الشيخ محمد بن زايد للتعليم العالي هو واحد من برنامَجي التثقيف المجتمعي اللذَين تديرهما جامعة نيويورك أبوظبي. أما البرنامج الآخر فهو الأكاديمية الصيفية التي تنظمها الجامعة للمستفيدين من برنامج منحة الشيخ محمد بن زايد للطلاب الإماراتيين المتفوقين من مدارس الثانوية الذين ينتقلون إلى المرحلة الدراسية الـ 11.